Географическое и экономическое значение Рыбинска в XIX веке, как порта важнейшей водной магистрали России реки Волги, расположенного при впадении в нее Шексны и Мологи, вызвало необходимость организации в городе учебного заведения для подготовки кадров для водного транспорта и содействия отечественному торговому мореплаванию. Исходя из этих соображений, по ходатайству Рыбинской городской думы в Рыбинске 21 ноября (3 декабря по новому стилю) 1876 года был открыт мореходный класс первого разряда с двухгодичным сроком обучения по подготовке штурманов и шкиперов каботажного и дальнего плавания. С 1876 по 1881 год мореходный класс состоял в ведомстве Министерства финансов, а с 1 августа 1881 года перешел в ведомство Министерства народного просвещения. За время существования класса было подготовлено и выпущено 55 штурманов и шкиперов.

Бурное развитие судоходство на Волге и ее притоках подталкивало к организации в Рыбинске речного училища, которое могло бы готовить капитанов и их помощников для судов Волжского бассейна. И в 1899 году мореходный класс был преобразован в речное училище 2 разряда, которое было передано в ведение Министерства путей сообщения и имело судоводительскую специальность с двухлетним сроком обучения. Учебные занятия проводились в арендованном у попечительства московского приюта двухэтажном деревянном здании по улице Пушкина, которое до настоящего времени не сохранилось. Библиотечный фонд училища составлял 1832 экземпляра книг.

С 1899 по 1917 год речное училище подготовило и выпустило 316 специалистов, а за весь дореволюционный период — около шестисот.

После Октябрьской революции речное училище перешло в ведение Главвода ВСНХ, в 1919 году объединилось с эвакуированным из Петрограда Морским училищем дальнего плавания и в том же году было преобразовано в техникум водного транспорта с отделениями судомеханическим и судостроительным. Позднее были открыты электромеханическое и гидротехническое отделения. Контингент учащихся составлял 310 человек.

В 1924 году техникум был реорганизован в школу 2 ступени водного транспорта с курсовой сетью, работавшей в межнавигационный период, а с 1 августа 1930 года, по ходатайству городских партийных и советских организаций, школе вновь вернули статус речного техникума.

Первыми руководителями и организаторами развития техникума были выдвиженцы  судоремонтного завода имени Володарского Иван Павлович Петров и Алексей Александрович Зеленцов, в качестве преподавателей по общеобразовательным предметам были привлечены преподаватели школ города, а по специальным предметам — инженерно-технические работники речного транспорта. В июне 1931 года Рыбинский Горисполком передал техникуму для застройки земельный участок,  где сейчас находится училище, и здание бывших торговых рядов под мастерские.

С 1932 года проводилось интенсивное укомплектование техникума штатными преподавателями с высшим образованием из числа выпускников технических и педагогических институтов. Весь коллектив преподавателей работал на строительстве учебного корпуса, с вводом в эксплуатацию которого  в 1936 году все занятия стали проводиться в новом здании.

В 1934 году в Рыбинский техникум вливается Череповецкий речной техникум. Период с 1930 по 1941 год характеризуется ростом учебно-материальной базы техникума и его прочным становлением — было выпущено 730 техников по 6 специальностям.

Абсолютное большинство выпускников техникума гаправлялось на работу в различные звенья и бассейны речного транспорта, где они внесли большой вклад в технический прогресс на речном транспорте и успешное выполнение планов первых пятилеток. Некоторые из них являлись ответственными партийными и хозяйственными руководителями, научными работниками. Среди выпускников техникума — выдающийся деятель КПСС и Советского государства, Герой Социалистического труда Ю.В. Андропов (выпуск 1936 года), бывший начальник Северо-Западного речного пароходства В.И. Малов (выпускник 1924 года), бывший министр мелиорации и водного хозяйства БАССР Н.И. Басистов.

В годы Великой Отечественной войны, несмотря на трудности с учебными помещениями и то, что многие преподаватели и учащиеся были мобилизованы на фронт, занятия продолжались, было подготовлено 85 техников. В этот период коллектив техникума совмещал учебные занятия с работой в помощь фронту и тылу, участвовал в строительстве оборонительных сооружений в Рыбинском и Мышкинском районах, вел в зимнее время борьбу со снежными заносами на железной дороге, помогал в уборке урожая, заготавливал топливо.

Работники, выпускники и учащиеся, мобилизованные на фронт, героически сражались с немецко-фашистскими захватчиками, многие из них были награждены орденами и медалями. Трем выпускникам — летчикам Алексею Васильевичу Вихореву, Александру Ивановичу Рытову и Константину Михайловичу Кабанову — за храбрость, отвагу и мужество присвоено высокое звание Героя Советского Союза. За самоотверженный труд в тылу по подготовке кадров в годы войны 18 работников техникума были награждены медалями СССР.

В первые послевоенные годы значительную часть учащихся составили фронтовики. Коллектив техникума проводил большую работу по воспитанию и обновлению учебно-материальной базы, созданию кабинетов и лабораторий, улучшению учебно-воспитательного процесса, активно участвовал в уборке урожая, электрификации колхозов, озеленение города. Из года в год увеличивался набор учащихся, повышалось качество подготовки специалистов.

19 декабря 1949 года постановлением Совмина №5656 «Об увековечении памяти Василия Ивановича Калашникова», выдающегося изобретателя судовых машин и котлов, новатора и судостроителя, его имя было присвоено техникуму и установлено две стипендии имени В.И. Калашникова для учащихся судомеханического отделения.

В августе 1956 года приказом Министра речного флота РСФСР № 69-пр техникум реорганизуется в речное училище закрытого типа, в которое вливается расформированное Рижское речное училище, все содержание учащихся переводится на полное государственное обеспечение. Министерством речного флота выделяются значительные средства на развитие учебно-материальной базы, в результате чего в 1957 году вводится общежитие на 500 мест и в 1964 году второе общежитие на 400 мест с оборудованием на 1 этаже столовой на 500 посадочных мест, реконструируются существующие и создаются новые учебные кабинеты и лаборатории, оснащенные новейшим оборудованием.

В декабре 1976 года старейшее учебное заведение Министерства речного флота за заслуги в подготовке специалистов для речного флота и в связи со 100-летием со дня основания было награждено орденом «Знак Почета».

Коллектив училища гордится своими выпускниками: Героем Социалистического труда капитаном В.В. Волковым, генерал-лейтенантами Н.А. Нееловым,  А.В. Аникиевым,  генерал-майором С.Н. Юпко, академиком, бывшим генеральным директором АООТ «Судоходная компания «Волжское пароходство» В.В. Нефедовым и многими другими.

Показателем высокого нравственно-патриотического воспитания является тот факт, что выпускники училища в последние годы регулярно получают государственные награды. Десантник  С.И. Грудинский награжден посмертно Орденом мужества за подвиг в Аргунском ущелье 1 марта 2000 года. Артем Трусов, Максим Цепилов, Илья Воронцов — выпускники училища 2007 года, спасшие жизнь семилетнего мальчика на пожаре, награждены в 2008 году медалью «За спасение погибавших». Летом 2010 года Орден Мужества из рук Президента РФ Д.А. Медведева получил выпускник 2009 года Александр Батунов. В настоящее время он учится на заочном отделении Рыбинского филиала ФГОУ ВПО «МГАВТ».

В сентябре 2010 года награждены члены экипажа теплохода «Путейский-404» Рыбинского района гидротехнических сооружений за спасение команды затонувшего сухогруза ГТ-18.  Из шести членов экипажа четверо — выпускники Рыбинского речного училища. Капитан теплохода «Путейский-404» Л.А. Кудрявцев награжден Орденом Мужества, В.В. Федоровский, А.В. Майоров, А.С. Прокуров — медалью «За спасение погибавших».

По результатам 2008 и 2009 годов училище является дипломантом, а в 2010 учебном году — победителем конкурса за награду «Бегущая по волнам», проведенного в соответствии с государственной программой «Патриотическое воспитание граждан Российской Федерации» среди образовательных учреждений морской направленности в номинации «за успехи в работе по подготовке профессиональных кадров для флота России».

Три года подряд (2006,  2007, 2008  г.г.) курсанты Кирилл Рябов,  Максим Богданов и Антонина Чернышева (ныне студентка МГАВТ) становились победителями Всероссийского детско-юношеского литературно-художественного патриотического конкурса «Гренадеры, вперед!». Максим Богданов в составе официальной делегации посетил остров Корфу (Греция).

В декабре 2009 года во дворе училища был открыт мемориал памяти сотрудников, курсантов и выпускников, отдавших жизнь при выполнении воинского долга во славу Отечества.

В настоящее время Рыбинское речное училище им. В.И. Калашникова является филиалом Московской государственной академии водного транспорта, готовит специалистов по следующим специальностям: экономика и бухгалтерский учет (по отраслям);  судовождение;  эксплуатация судовых энергетических установок;  эксплуатация судового электрооборудования и средств автоматики с ежегодным приемом 200 человек на дневное отделение и 50 — на вечерне-заочное отделение.

Общее количество учащихся составляет 1050  человек. Все учебные занятия проводятся по кабинетной системе, для чего оборудован 31 учебный кабинет, в том числе 3 компьютерных класса, 7 лабораторий, учебные мастерские. В 2009 году создан тренажерный центр, куда входят тренажерный комплекс Марлот-М,  тренажер ГМССБ типа «MASIM-D», тренажер для подготовки лиц рядового состава, несущих ходовую навигационную вахту и др. Общая стоимость учебного оборудования составляет 15830 тысяч рублей. Библиотечный фонд  училища — 52168    экземпляров книг.

Сегодня в училище работают 56 квалифицированных преподавателей и воспитателей, которые обеспечивают подготовку высококвалифицированных специалистов для речного транспорта.